Na środku dolnego kościoła, czyli Kościoła Relikwii znajduje się murowany ołtarz, w którym ukryta jest ampułka z krwią papieża. W kościele górnym natomiast odwiedzający zobaczyć mogą sutannę z plamami krwi, którą Jan Paweł II miał na sobie w dniu zamachu na jego życie.

Miejscem którego nie można pominąć przy wizycie w Sanktuarium jest płyta nagrobna z grobu św. Jana Pawła II pochodzącą z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra w Rzymie. Umieszczony na niej otwarty Ewangeliarz jest tym, którego strony przewracał wiatr w czasie pogrzebu papieża.