Radni Krakowa już w XIX w. podjęli wysiłek stworzenia własnego muzeum historycznego. Inicjatywa utworzenia muzeum gromadzącego miejskie pamiątki pojawiła się w latach 60. XIX w. Powołane przez Radę Miasta w 1890 r. Archiwum Aktów Dawnych Miasta Krakowa rozpoczęło gromadzenie zbiorów, a powstałe w 1897 r. Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa poparło inicjatywę tworzenia muzeum. 

Muzeum Historyczne Miasta Krakowa zostało powołane do życia na posiedzeniu Rady Miasta 31 maja 1899 r. Z tą chwilą rozpoczęło swe istnienie, choć jeszcze nie jako samodzielna instytucja, a jako oddział przy Archiwum Aktów Dawnych. Zbiory były gromadzone w nieudostępnianej zwiedzającym parterowej sali budynku przy ul. Siennej 16. Wkrótce podjęto intensywne, choć trwające wiele lat starania o udostępnienie kolekcji dla publiczności.

Jesteśmy po to by poznawać, chronić, przybliżać współczesnym i przekazać naszym następcom niepowtarzalne dziedzictwo przeszłości Krakowa. Nasza praca to służba na polu kształtowania człowieka świadomego swej tożsamości.

Wśród wystaw stałych Muzeum Historycznego Miasta Krakowa odwiedzający znajdą:

- Cybertekę. Kraków – czas i przestrzeń.
- Kraków w czasie okupacji 1939-1945.
- Aptekę Tadeusza Pankiewicza w getcie krakowskim.
- Pokonkursową Wystawę Szopek Krakowskich – Szopki w Celestacie.
- Śladem europejskiej tożsamości Krakowa.
- Dzieje i kultura Żydów krakowskich.
- Krakowianie wobec terroru 1939-1945-1956.
- Mieszczański dom.
- Mieszkanie przedmiejskie przed stu laty.
- Krakowskie Bractwo Kurkowe i obronność miejska.
- Miasto pod kopcem Kraka.

Na odwiedzających czekają także wystawy czasowe, a także zagraniczne.