Powstała w 1861 roku, obecnie liczy sześć oddziałów – Dom Mikołaja Kopernika (zamknięty dla zwiedzających z powodu remontu do czerwca 2018 roku), Muzeum Historii Torunia (w Domu Eskenów), Muzeum Toruńskiego Piernika, Muzeum Podróżników im. Tony’ego Halika, Muzeum Sztuki Dalekiego Wschodu (w Kamienicy pod Gwiazdą) oraz Ratusz Staromiejski będący gotyckim symbolem miasta.

Muzeum posiada bardzo bogatą ofertę kulturalną – w poszczególnych oddziałach na zwiedzających czekają najrzadsze eksponaty z dalekiej Azji, arcydzieła polskiego malarstwa autorstwa takich artystów jak Julian Fałat, Jan Matejko, Jacek Malczewski, Józef Chełmoński, Andrzej Wróblewski, Zdzisław Beksiński czy Stanisław Ignacy Witkiewicz, wyjątkowe pamiątki z egzotycznych podróży Tony’ego Halika i Elżbiety Dzikowskiej, legendarne kopernikana, unikatowe znaleziska archeologiczne czy wreszcie tak słynne dla Torunia formy piernikarskie i wszystko co związane z wypiekiem pierników.

Przez cały rok, także podczas wakacji i ferii zimowych Muzeum organizuje różnorodne zajęcia dla dzieci i młodzieży – od warsztatów malarskich, rzeźbiarskich, plastycznych przez zajęcia edukacyjne, lekcje muzealne na grach edukacyjnych skończywszy. Wszystkie te propozycje  zostały podzielone ze względu na wiek odbiorcy: dla przedszkoli, szkół podstawowych, gimnazjalnych i ponadpodstawowych oraz dla odbiorców z niepełnosprawnością intelektualną. Niektóre z oddziałów – Muzeum Historii Torunia, Muzeum Sztuki Dalekiego Wschodu oraz Muzeum Toruńskiego Piernika posiadają specjalnie przystosowane dla dzieci i młodzieży, interaktywne sale edukacyjne.

Od niedawna w ofercie Muzeum znajdują się także oprowadzania z przewodnikiem (po Muzeum Podróżników im. Tony’ego Halika, Ratuszu Staromiejskim oraz Muzeum Sztuki Dalekiego Wschodu), który w przystępny sposób przybliża gościom tematykę danego oddziału.

Szczególnie przyjaznym miejscem dla najmłodszych jest Muzeum Toruńskiego Piernika – interaktywna przebieralnia, kącik gier i zabaw, stare filmy animowane oraz przede wszystkim warsztaty wypieku pierników sprawiają, że cieszy się ono wyjątkową popularnością wśród wycieczek szkolnych.

Wszystkie oddziały Muzeum znajdują się na Starym Mieście. Z tego też powodu nie posiadają parkingów, jednak istnieje możliwość pozostawienia pojazdu w obrębie starówki. Za wyjątkiem Kamienicy pod Gwiazdą wszędzie znajdują się udogodnienia dla niepełnosprawnych – windy, podjazdy oraz specjalnie przystosowane toalety. Wszystkie filie czynne są od wtorku do niedzieli, od października do kwietnia w godzinach 10:00-16:00, zaś w sezonie letnim, od maja do września w godzinach 10:00-18:00.

Oddziały:

Ratusz Staromiejski

Rynek Staromiejski 1

Muzeum Historii Torunia w Domu Eskenów

Łazienna 16

Muzeum Sztuki Dalekiego Wschodu w Kamienicy pod Gwiazdą

Rynek Staromiejski 35

Muzeum Podróżników im. Tony’ego Halika

Franciszkańska 9/11

Muzeum Toruńskiego Piernika

Strumykowa 4

Dom Mikołaja Kopernika

Kopernika 15/17