Jednak historia jego powstania łączy się z istniejącym tu już wcześniej przytułkiem św. Elżbiety. Warto pamiętać, że przytułki przyjmujące m.in. osoby trędowate budowano na skraju średniowiecznych miast, czyli miejsce, które dziś określilibyśmy jako ścisłe centrum Gdańska, niegdyś stanowiło... jego rogatki. Po kilku latach działania przytułek zamieniony został w szpital, a sławny wielki mistrz krzyżacki Konrad von Jungingen wyraził zgodę na rozbudowę kompleksu o obiekt sakralny. W ten sposób powstał ceglany kościół o gwiaździstym sklepieniu, jednej nawie i wieży. Prezbiterium kościoła (czyli część przeznaczona dla kapłanów z ołtarzem stojącym w centralnej części) połączone było z budynkiem szpitala: dzięki temu chorzy przykuci do łóżek mogli uczestniczyć w mszach świętych. Do kompleksu należał również sierociniec, którego zabudowania nie dotrwały do czasów dzisiejszych.

W 1945 r. budynek został doszczętnie spalony i cały jego wystrój uległ zniszczeniu. W latach powojennych kompleks odbudowany został przez zakon ojców palotynów, którzy obecnie w barokowym budynku dawnego szpitala mają swoją siedzibę. Wnętrze gotyckiego kościoła po odbudowie uzyskało współczesny wystrój. Co ciekawe, w wieży kościoła św. Elżbiety biły niegdyś dwa dzwony, które jednak zdecydowano się usunąć, bowiem drgania, które wywoływały stanowiły zagrożenie dla konstrukcji budynku.

Źródło: Gdańska Organizacja Turystyczna http://visitgdansk.com/ .