Budowę po blisko 200 latach przerwano na przełomie XV i XVI w. Już w średniowieczu był to najważniejszy z toruńskich kościołów, pełniący funkcję staromiejskiej fary, w której skupiało się religijne życie mieszkańców miasta.W połowie XVI wieku świątynia na krótko przejęta została przez luteran, później przez kilkanaście lat odbywały się tu jednocześnie nabożeństwa katolickie i protestanckie. Od końca XVI wieku do drugiej połowy XVIII stulecia kościół posiadali księża jezuici. W 1992 roku świątynia została podniesiona do rangi katedry - centralnego kościoła diecezji toruńskiej, powołanej przez papieża Jana Pawła II.

Przestronne wnętrze kościoła wypełnione jest cennymi dziełami sztuki. W prezbiterium, które wzniesione zostało już w I poł. XIV wieku, zachowały się pochodzące z tego samego stulecia gotyckie malowidła ukazujące patronów świątyni - św. Jana Chrzciciela i Ewangelistę, a także monumentalny, wielowątkowy średniowieczny obraz przedstawiający Sąd Ostateczny. W okresie średniowiecza powstał również ołtarz główny św. Wolfganga, a także fragmenty barwnych witraży i strzeliste sklepienia. W trzech nawach kościoła znajduje się kilkanaście renesansowych i barokowych ołtarzy oraz wiele epitafiów toruńskich mieszczan i okolicznej szlachty. Największym zainteresowaniem cieszy się jednak kaplica z chrzcielnicą, przy której w 1473 roku ochrzczono Mikołaja Kopernika. Około stu lat później zawieszono tu zachowane do dziś renesansowe epitafium z portretem astronoma. W czasach napoleońskich w kaplicy umieszczono też najstarsze, ale niezbyt udane, popiersie Kopernika, wyrzeźbione w 1766 roku. Za nim na ścianie znajduje się rysunek wskazujący, że w tym właśnie miejscu pochowano serce króla Jana Olbrachta, zmarłego w Toruniu w 1501 roku.

Wielkim skarbem toruńskiej katedry jest również potężny dzwon Tuba Dei - Trąba Boża, ważący ponad 7 tysięcy kilogramów. Kiedy w 1500 roku odlano go i zawieszono w kościelnej wieży, był największym dzwonem w tej części Europy. Według legendy jego powstanie wiązało się z obawami mieszkańców Torunia przed nadchodzącym końcem świata - wielki dzwon miał przebłagać Boga i odsunąć w czasie zbliżającą się apokalipsę. Dźwięk Trąby Bożej przez stulecia towarzyszył najważniejszym wydarzeniom w dziejach miasta. Nic zatem dziwnego, że w XVIII wieku rada miejska wyłożyła olbrzymią sumę kilkunastu tysięcy talarów, by uchronić dzwon przed wywiezieniem go za morze przez stacjonujące w Toruniu wojska szwedzkie. Dziś Tuba Dei używany jest tylko kilka razy w roku, a wibracje wywoływane przez jego niski ton są dużym zagrożeniem dla konstrukcji kościelnej wieży. Wchodząc na jej górną kondygnację z pięknym widokiem na toruńską starówkę można po drodze zobaczyć dzwon i dotknąć jego serca. To podobno najlepszy sposób na spełnienie przynajmniej jednego skrytego marzenia.Wnętrze katedry to swego rodzaju galeria sztuki oraz zbiór cennych pamiątek obrazujących dzieje miasta. Do najbardziej wartościowych elementów wyposażenia zalicza się  ołtarz główny z tryptykiem św. Wolfganga z lat 1502-1506 oraz zachwycające bogactwem kolorów i kształtów wielkie malowidło ścienne przedstawiające Sąd Ostateczny z Ukrzyżowaniem.Warto zwrócić też uwagę na białą figurę przedstawiającą Madonnę (jest to kopia, oryginał zaginął w roku 1944) oraz na znajdujące się nad nią barokowe organy.

Źrodło: Ośrodek Informacji Turystycznej w Toruniu http://www.visittorun.com/ .