Jednak faktycznie został założony w chwili wybuchu II wojny światowej, w dniu 2 września 1939 r. Usytuowany niedaleko wsi Stutthof, w obrębie Wolnego Miasta Gdańska, w pierwszej fazie swojego istnienia miał odegrać szczególną rolę w realizacji rozwiązania „kwestii polskiej” na terenie Pomorza Gdańskiego. To tu, już od pierwszych dni wojny, osadzano ocalałych z pogromów, jakie dokonywały specjalne grupy operacyjne niemieckiej policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa (Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und Sicherheitsdienst), Polaków i Żydów, a także „elementy zagrażające opanowaniu przez III Rzeszę Pomorza Gdańskiego”, do których zaliczano także chorych psychicznie. Ich również objęto akcją zagłady, prowadzoną w ramach tzw. „akcji oczyszczania” (Säuberungsaktion).

Do stycznia 1942 r. obóz Stutthof nie podlegał bezpośrednio centralnym władzom SS w Berlinie. Nosił on wówczas nazwę Zivilgefangenenlager Stutthof i jako obóz lokalny był przede wszystkim miejscem internowania ludności polskiej z terytorium Gdańska i Pomorza Gdańskiego. Dopiero po dwóch latach starań, przypieczętowanych wizytą Reichsführera SS Heinricha Himmlera 23 listopada 1941 r., w dniu 7 stycznia 1942 r. Stutthof został obozem koncentracyjnym.

Pierwszy transport więźniów, który przybył do wyznaczonego pod przyszły obóz miejsca w dniu 2 września, liczył około 150 osób. Zostali oni wyselekcjonowani z aresztowanych w dniu 1 września na terenie Gdańska Polaków i miejscowych Żydów. Przywieziono ich do obozu kilkoma autobusami miejskimi.

W ciągu ponad 5 lat działalności obozu koncentracyjnego Stutthof zarejestrowano w nim łącznie około 110 000 więźniów. Byli oni obywatelami 28 państw, zarówno europejskich, będących pod niemiecką okupacją, ale i państw neutralnych oraz Stanów Zjednoczonych. W przysyłanych wówczas transportach z obozów koncentracyjnych Buchenwald, Dachau, Neuengamme, Mauthausen, Flossenbürg i Sachsenhausen znajdowali się Polacy, Niemcy, Czesi, Holendrzy, Belgowie, Francuzi, Norwegowie, a także Żydzi.

W ciągu wszystkich lat działalności KL Stutthof, na jego terenie odbywały się egzekucje mające na celu eliminację przede wszystkim jednostek „niepożądanych”, czy to ze względów rasowych, czy też politycznych. Egzekucje były też jedną z form zastraszenia i terroru stosowanego w obozie.

Pierwsze egzekucje miały na celu wyeliminowanie z więźniarskiej społeczności jednostki najbardziej zasłużone dla polskości Pomorza Gdańskiego. W wyniku wyroku policyjnego sądu doraźnego (Standgericht) już 11 stycznia 1940 r. rozstrzelano 22 działaczy Polonii Gdańskiej i pracowników polskich urzędów państwowych z terenu Wolnego Miasta Gdańska, a 22 marca 1940 r. dalszych 67.

W latach 1942-1945 w okresie nasilenia się transportów z więźniami politycznymi wzrosła liczba wykonywanych wyroków śmierci w wyniku zastosowania „specjalnego traktowania” (Sonderbehandlung - SB). Niektórzy z więźniów przybywali do obozu już z wyrokami śmierci wydanymi przez Sondergericht lub Standgericht. Wśród więźniów straconych za działalność polityczną znajdowali się Polacy, głównie za przynależność do organizacji ruchu oporu oraz Rosjanie, przede wszystkim jeńcy wojenni przysyłani z obozów jenieckich za ich działalność komunistyczną na terenie obozów jenieckich.

Od połowy 1944 r. na terenie KL Stutthof w celu uśmiercania więźniów zaczęto stosować komorę gazową. Akcją bezpośredniej zagłady objęto głównie osadzone w II połowie 1944 r. Żydówki, wyselekcjonowane z przybywających transportów. Śmierć w komorze gazowej poniosła również grupa 77 radzieckich jeńców wojennych, inwalidów przywiezionych z frontu wschodniego.

Innymi metodami, jakie zastosowano w ramach akcji „SB”, było rozstrzeliwanie strzałem w potylicę w pomieszczeniach krematorium czy też „szpilowanie”, czyli uśmiercanie zastrzykiem z fenolu, którą to metodę stosowano już od 1940 r. w celu likwidacji więźniów chorych psychicznie.

W styczniu 1945 r. wojska radzieckie znajdowały się w odległości 40-50 km od Stutthofu. Zbliżanie się frontu wschodniego miało decydujący wpływ na podjęcie decyzji o ewakuacji obozu. 25 stycznia 1945 r. po zarządzonym przez komendanta obozu o godzinie 4 rano apelu na trasę ewakuacji wyszło 7 kolumn, liczących od 1 100 do 1 600 więźniów. Dalsze dwie kolumny opuściły obóz 26 stycznia 1945 r. Celem docelowym więźniów stały się obozy niemieckiej służby pracy (RAD), rozmieszczone w kilku miejscowościach w pobliżu Lęborka. Poszczególne kolumny osiągnęły cel w dniach od 2 do 4 lutego 1945 r. Do marca 1945 r. więźniowie przebywali w obozach ewakuacyjnych, gdzie głód i choroby nadal dziesiątkowały więźniów. Dopiero w dniach 9-12 marca więźniowie zostali przejęci przez wojska armii radzieckiej.

Po ewakuacji lądowej na terenie KL Stutthof pozostało ponad 12 000 więźniów, z których do 23 kwietnia 1945 r. przeżyło zaledwie 4 508 więźniów. Przez cały czas na terenie obozu panowała epidemia tyfusu. Jednocześnie przygotowywano się do drugiej ewakuacji drogą morską, co nastąpiło w dniach 25 i 27 kwietnia 1945 r. Więźniowie załadowani na barki w Mikoszewie u ujścia Wisły, poprzez przeładunek na Helu holowani byli w kierunku Zatoki Lubeckiej.

Dnia 9 maja 1945 r. pomiędzy godziną 7 a 8 rano wojska armii radzieckiej wkroczyły na teren obozu Stutthof. W obozie znajdowało się już jedynie około 140 więźniów, którzy nie wzięli udziału w ewakuacji obozu oraz grupa ponad 20 000 cywili, głównie Niemców pochodzących z Prus Wschodnich.

Z ogólnej liczby około 110 000 więźniów około 24 600 przeniesiono do innych obozów koncentracyjnych. W wyniku zastosowania bezpośrednich metod uśmiercania więźniów, jak również w wyniku wytworzonych ekstremalnych warunków bytowych, chorób, braku opieki lekarskiej oraz ciężkiej pracy, zwłaszcza w podobozach, a także w wyniku ewakuacji obozu, liczbę ofiar obozu koncentracyjnego Stutthof szacuje się na około 65 000, wśród nich około 28 000 to więźniowie narodowości żydowskiej. Około 23 000 zmarłych więźniów to ofiary obu ewakuacji KL Stutthof.