Przez cały rok pełni funkcje wystawiennicze i edukacyjne oraz związane z obsługą ruchu turystycznego.

W muzeum przygotowano ekspozycję stałą, prezentującą historię nadwigierskiego krajobrazu, głębiny jezior, rzeki, torfowiska i ekosystemy lądowe Wigierskiego Parku Narodowego, działalność człowieka oraz historię i dokonania dawnej Stacji Hydrobiologicznej na Wigrach. Muzeum mieści salę laboratoryjną, przeznaczoną do zajęć edukacyjnych oraz salę projekcyjną - miejsce prezentacji filmów, pokazów przezroczy, seminariów i warsztatów.

Część muzeum przeznaczona jest na wystawy okresowe.

Muzeum posiada również łódź z przeszklonym dnem do podglądania podwodnego świata jeziora Wigry.