W XII wieku próby działalności misyjnej podejmowali Bolesław Krzywousty i jego synowie, nie przynosiły one jednak zadowalających rezultatów. Dopiero w XIII stuleciu zorganizowana działalność cysterskiego opata Gotfryda z Łękna, przy wsparciu papieża Innocentego III, zaczęła przynosić widoczne efekty. Dużą rolę odegrał w misji pruskiej - kontynuator działalności Gotfryda – cysters Chrystian, który od 1213 roku samodzielnie kierował akcją nawracania Prusów. Bulla papieża Innocentego III, wymieniając osiągnięcia chrystianizacyjne, oddawała Prusy pod opiekę arcybiskupowi gnieźnieńskiemu Henrykowi Kietliczowi, do czasu powołania tam oddzielnego biskupa. Wkrótce, decyzją papieża, Chrystian został mianowany pierwszym biskupem misyjnym w Prusach, a jego siedzibą stał się najprawdopodobniej Zantyr. Chrystian, uzyskując liczne uprawnienia od papieża Honoriusza III, stał się niekwestionowanym władcą Prus, a w roku 1218 na mocy bulli papieskiej, uzyskał prawo do podziału Prus na diecezje i wyświęcenia biskupów, do czego jednak wówczas nie doszło. Kolejna nieudana próba powołania wiąże się z działalnością legata papieskiego Wilhelma z Modeny w połowie lat 20 XIII wieku.

Sytuacja zmieniła się po sprowadzeniu Zakonu Krzyżackiego, który wykorzystując fakt, iż biskup Chrystian działając na Sambii został uwięziony przez pogan, uzyskał od Grzegorza IX nadanie Prus, pod warunkiem uposażenia mających tam powstać biskupstw. Wspomniany Wilhelm z Modeny, na mocy dokumentu wystawionego przez papieża porozumieniu z Zakonem Krzyżackim, zobowiązany został do podziału Prus na diecezje, który i tym razem nie doszedł do skutku. Ostatecznego podziału ziem opanowanych przez Krzyżaków na cztery diecezje (chełmińską, pomezańską, sambijską i warmińską) dokonano w roku 1243, we włoskiej miejscowości Anagni, na polecenie papieża Innocentego IV.

Pierwszym biskupem pomezańskim został dominikanin Ernest, który w wyniku porozumienia z mistrzem krajowym Ludwikiem von Queden, otrzymał 1/3 diecezji jako uposażenie, zaś na stolicę biskupstwa wybrał Kwidzyn. W roku 1284 i 1285 fundowano kapitułę pomezańską, inkorporowaną do Zakonu Krzyżackiego, wówczas zapewne podjęto decyzję o podniesieniu dotychczasowego kościoła farnego do rangi katedry i budowie zamku kapituły pomezańskiej.

Muzeum w Kwidzynie, pełniąc rolę muzeum regionalnego, od 1950 roku zbiera, zachowuje, opracowuje i eksponuje przedmioty dziedzictwa kulturowego i przyrodniczego związane z Powiślem.

Aktualnie  posiada liczące około 5 tys. obiektów zbiory podzielone na kolekcje:

• dzieła sztuki: naczynia porcelanowe z XVIII, XIX i początku XX wieku, naczynia szklane z końca XIX i początku XX wieku, portret Mężczyzny z czaszką (XVII wiek), alabastrowa płaskorzeźba "Święta Rodzina odpoczywająca podczas ucieczki do Egiptu" (1683), płaskorzeźba Zabójstwo Abla,
• numizmaty: monety pochodzące z XIV-XX wieku, XVII- i XVIII wieczne monety pruskie, XIX-wieczne monety rosyjskie i francuskie,
• rzemiosło artystyczne:  dębowa skrzynia obita pasami żelaznej blachy (XIV w.), intarsjowany stół z marmurowym blatem (1648), dwa XVIII-wieczne fotele, XVII i XVIII-wieczne mechanizmy zamków, XVIII-wieczne świeczniki i żyrandole, renesansowy portal (1612)
• znaleziska archeologiczne: naczynia ceramiczne, krzemienne młoty, motyki, rozcieracze oraz żarna z epoki kamienia, młot wykonany z poroża jelenia, bogato zdobione grzebienie kościane, zapinki lateńskie, bursztynowe paciorki
• zbiory etnograficzne: dwudrzwiowa szafa na odzież (1789), intarsjowana skrzynia (1802), krzesło dla prządki (1804), drewniane matryce, wywieszka cechu sukienników i postrzygaczy owiec (XVI w.), formy piernikarskie (XVI-XIX w.)
• zbiory przyrodnicze:
• faunistyczne: kolekcja okazów ptaków, ssaków, gadów, płazów, owadów, kolekcja jaj ptaków krajowych ,
• paleontologiczne: m.in. kości walenia wydobyte z koryta Wisły, najlepiej zachowana w kraju czaszka tura wraz z niekompletnym szkieletem, ząb mamuta, jajo hadrozaura;
• botaniczne: ponad 700 kart, w tym zbiory herbarium J. Peil z lat 1867-1915.

Cennik biletów:

• Bilet normalny – 10 zł
• Bilet normalny z audioprzewodnikiem – 16 zł
• Bilet ulgowy – 5 zł
• Bilet ulgowy z audioprzewodnikiem – 11 zł
• EuroCard – 5 zł
• EuroCard z audioprzewodnikiem – 11 zł
• Lekcja muzealna – 5 zł
• Dziedziniec – wstęp bezpłatny

Pozostały cennik:

• Opłata przewodnicka (grupa do 40 osób – język polski) – 60 zł
• Opłata przewodnicka (grupa powyżej 40 osób – język polski) – dopłata 11 zł za każde 10 osób
• Opłata przewodnicka (grupa do 40 osób – język obcy) – 80 zł
• Opłata przewodnicka (grupa powyżej 40 osób –obcy) – dopłata 15 zł za każde 10 osób
• Opłata za zdjęcia ślubne – 61 zł

Godziny otwarcia:

Sezon letni (1.05 – 30.09):

• Godziny otwarcia wystaw: 09:00 – 17:00
• Godziny otwarcia kasy: 09:00 – 16:30

Sezon zimowy (1.10 – 30.04):

• Godziny otwarcia wystaw: 09:00 – 15:00
• Godziny otwarcia kasy: 09:00 – 14:30