Działa nieprzerwanie od 26 lutego 1946 roku. W ciągu 65 lat swojej historii Muzeum przetrwało wiele reorganizacji i zmian administracyjnych. W 1987 r., jako jedno z pierwszych w Polsce, zostało muzeum samorządowym.

Muzeum założono z inicjatywy Zofii Licharewej, która od stycznia 1945., jeszcze przed oficjalnym przekazaniem władzy polskiej administracji cywilnej, zajmowała się w Rastemborku zabezpieczeniem zabytków ruchomych zgromadzonych w okolicznych kościołach, dworach i pałacach. Na długie lata siedzibą Muzeum stał się budynek dawnego aresztu przy ulicy Powstańców Warszawy 1. Po raz pierwszy zbiory Muzeum zostały udostępnione dla zwiedzających w 1948 roku. W maju 1967 roku Muzeum zostało przeniesione do pomieszczeń znajdujących się w odbudowanym zamku krzyżackim.

Od wielu lat Muzeum, poza wykonywaniem zadań statutowych takich jak gromadzenie zbiorów związanych z dziejami regionu, organizacja wystaw i edukacja regionalna, realizuje programy badawcze i edukacyjne finansowane również z funduszy przyznawanych przez Ministerstwa i agendy rządowe oraz z innych funduszy, także z Unii Europejskiej.

W Muzeum im. Wojciecha Kętrzyńskiego odwiedzający mogą oglądać przede wszystkim zbiory związane z historią miasta i regionu. Dużą część zbiorów Muzeum stanowią eksponaty z dziedziny sztuki, rzemiosła artystycznego, historii, a także archiwalia zabezpieczone w pierwszych larach powojennych przez założycielkę Muzeum – Zofię Licharewę.

Wśród zbiorów artystycznych na szczególną uwagę zasługują: epitafia z XVI-XVIII wieku, kolekcja rzeźb z końca XV wieku, chorągwie pogrzebowe (Fryderyka Groebena oraz jedna zachowana z terenu dawnych Prus chorągiew pogrzebowa dziecka z wizerunkiem zmarłego w wieku trzech lat Botho Eulenburga), a także kolekcja sprzętów cynowych z XVIII-XX wieku oraz kolekcja zabytków zabezpieczonych w okolicznych dworach i pałacach.

Z eksponatów numizmatycznych dużą wartośą historyczną przedstawia fragment jednego z trzech skarbów monet ukrytych w 1626r. w pobliżu murów miejskich, zbiór dawnych pieczęci miejskich i cechowych, kolekcja monet i medali z XVII-XIX w. oraz zbiór monet i banknotów zastępczych z początku lat 20-tych XX w.

W zbiorach działu etnografii znajdują się m.in.: tradycyjne sprzęty używane do niedawna na wsi mazurskiej oraz kolekcja osiemnastowiecznych kafli piecowych. Na uwagę zasługuje także ciekawa kolekcja geologiczna zgromadzona przez Z.Licharewą. Gromadzone w Muzeum zdjęcia, pocztówki i materiały dokumentacyjne są cennym źródłem dla poznania historii miasta i regionu. Biblioteka muzealna posiada oprócz literatury fachowej m.in. zbiór starodruków z XV-XIX w., bogate zbiory wydawnictw poświęconych historii regionu oraz unikatowe egzemplarze miejscowej prasy z XIX i XX w. Szczególnie cenny jest zbiór rękopisów z XVII-XXw. z archiwów kościelnych i archiwum magistratu.