Początkowo eksponowano w nim głównie przedstawicieli fauny krajowej. W czasie II wojny światowej ogród znajdował się pod administracją niemiecką. Niektóre zwierzęta zostały przetransportowane do niemieckich ogrodów zoologicznych.

W 1963 roku utworzono samodzielne przedsiębiorstwo pod nazwą Miejski Park i Ogród Zoologiczny.

Ogród Zoologiczny w Krakowie położony jest w środkowej części blisko 420 hektarowego kompleksu leśnego zwanego Lasem Wolskim, który jest dla mieszkańców Krakowa bardzo popularnym miejscem wypoczynku. Wędrując oznakowanymi szlakami turystycznymi można dotrzeć do położonych tu obiektów historycznych: klasztoru O.O. Kamedułów na Srebrnej Górze i Kopca Niepodległości im. Józefa Piłsudskiego. Wiele tras prowadzi do ul. Kasy Oszczędnosci Miasta Krakowa 14, 30-232 Kraków - ogrodu zoologicznego.

W krakowskim Zoo na obszarze 20 ha eksponujemy 265 gatunków zwierząt, łącznie około 1400 sztuk zwierząt. Wśród nich liczną grupę (ponad 100 gatunków) stanowią zwierzęta ginące i zagrożone wyginięciem. Są to między innymi: żyrafa Rothschilda, koń Przewalskiego, panda mała, jaguar, lew azjatycki, tygrys amurski, gibbon białoręki, lwiatka złota, pingwin Humboldta, ara zielona, sęp kasztanowaty.

Krakowskie Zoo jest ośrodkiem hodowlanym, w którym rozmnaża się i odchowuje wiele gatunków zwierząt. Na szczególną uwagę zasługują regularne przychówki od kondorów wielkich, sukcesy w hodowli manuli, panter śnieżnych, panter chińskich, rysi, hipopotamów karłowatych, tapirów anta, antylop addaks, szympansów, mandryli.

W ostatnich latach nastąpiła znacząca modernizacja Zoo podnosząca jego walory estetyczne i poprawiająca warunki bytowania zwierząt. W roku 2005 otwarto po przebudowie pawilon małpiarni, w roku 2007 zakończono budowę obiektu dla wielkich kotów (I etap). W roku 2013 otwarto żyrafiarnię, w roku 2016 powstał obiekt, w którym eksponujemy pingwiny Humboldta, a w roku 2017 zakończono drugi etap budowy pawilonu dla wielkich kotów.

Krakowski Ogród Zoologiczny prowadzi działalność edukacyjną. Jest ona realizowana poprzez lekcje biologii, pogadanki o zwierzętach, audycje i wywiady w mediach, tablice dydaktyczne, wydawnictwa i stronę internetową.

Uczestniczyliśmy w programie reintrodukcji rysia w Puszczy Kampinoskiej (lata 90-te XX wieku) i w programie reintrodukcji puszczyka uralskiego w północno-wschodnich Alpach (rok 2013).

Krakowskie Zoo jest członkiem Światowego Stowarzyszenia Ogrodów Zoologicznych i Akwariów WAZA, Europejskiego Stowarzyszenia Ogrodów Zoologicznych i Akwariów EAZA. Eksponujemy 37 gatunków objętych programem EEP (Europejski Program Hodowli Gatunków Zagrożonych Wyginięciem) i 18 gatunków, dla których prowadzone są Europejskie Księgi Rodowodowe ESB.

Zoo w Krakowie cieszy się dużym zainteresowaniem zwiedzających. Odwiedza go rocznie około 400 tysięcy osób. Ogród ma kameralny, leśny charakter. Starannie pielęgnowana zieleń, możliwość bezpośredniego kontaktu z gatunkami udomowionymi w Mini-Zoo stwarzają zwiedzającym dogodne warunki do wypoczynku.