Zarówno w średniowieczu jak i w czasach najnowszych był wielokrotnie przebudowywany. Obecną formę architektoniczną świątynia zawdzięcza kampanii budowlanej około 1468 r., kiedy dźwigała się z ruin po wojnie trzynastoletniej. Przesklepienie i budowa nowej dzwonnicy przeciągnęły się do lat dwudziestych XVI w. W XIX stuleciu kościół obudowany został niewielkimi kamieniczkami służącymi parafii. Prace konserwatorskie przeprowadzono w nim w okresie międzywojennym. Wymieniono wówczas wyposażenie i witraże. Do najcenniejszych zabytków ruchomych we wnętrzu należy średniowieczna rzeźba św. Elżbiety Turyńskiej oraz neogotycki zespół ołtarzy. Kościół św. Jana przez całą swoją historię był świątynią katolicką.

Źródło: Centrum Informacji Turystycznej http://visitmalbork.pl/ .