Od samego początku budowa sprawiała trudności i dopiero trzeciemu zaangażowanemu do tego projektu architektowi , Giovanniemu Trevano udało się ukończyć świątynię. Wnętrze, mimo, że monumentalne, jest bardzo oszczędne: zwiedzający zobaczyć mogą przede wszystkim ołtarz główny z obrazem przedstawiającym wręczenie św. Piotrowi kluczy do Rzymu. W kryptach kościelnych pochowane są szczątki Piotra Skargi, a także Sławomira Mrożka (w otwartym w 2012 roku Panteonie Narodowym).