Najprawdopodobniej początkowo pełnił funkcję kaplicy cmentarnej, ulokowany jest bowiem na terenie dawnego cmentarza, który otaczał bazylikę Mariacką. W klasztorze przylegającym do kościoła mieszkał autor polskiego przekładu Biblii ks. Jakub Wujek, a po śmierci jego szczątki spoczęły w podziemiach kościoła. Warto zobaczyć tu kamienną pietę z początku XV wieku oraz gotycki ogrojec z końca XV wieku.