Krakowski zakon norbertanek, które mieszkają w tym miejscu, jest jednym z najstarszych zgromadzeń zakonnych. Według przekazów norbertanki sprowadzone zostały do Krakowa w połowie XII wieku przez małopolskiego możnowładcę Jaksa Gryfita.

Kościół znajdujący się na terenie klasztoru przechodził liczne przebudowy, jednak najstarszymi zachowanymi jego fragmentami są te z XIII wieku. Znacząca część nasz i murów klasztornych datowana jest na XV wiek, a w XVII wieku kompleks przebudowano na styl barokowy.

Z klasztorem związane są legendy o Lajkoniku (stąd właśnie wyrusza tradycyjny pochód z tatarskim najeźdźcą) i o klasztornym dzwonie, który zerwany z wieży i wrzucony do Wisły raz w roku wypływa na powierzchnię rzeki i bije smutnym tonem aż do północy.