Obecny wygląd wnętrza zawdzięczany jest Stanisławowi Wyspiańskiemu, który stworzył niesamowite secesyjne polichromie i witraże, w tym największy z nich, umieszczony nad głównym wejściem witraż „Bóg Ojciec – stań się”.

Kościół warto odwiedzić przede wszystkim w każdy piątek Wielkiego Postu. To właśnie wtedy ubrani w czarne habity z zakrywającymi twarze kapturami bracia pielęgnujący dawne zwyczaje, odprawiają nabożeństwo pasyjne, tzw. procesję jerozolimską: dwaj najstarsi wiekiem niosą umieszczone na drewnianych drzewcach czaszki mężczyzny i kobiety.

Z przylegającym do kościoła klasztorem łączy się legenda. Według podań Jadwiga Andegaweńska spotykała się tu w tajemnicy z austriackim księciem Wilhelmem Habsburgiem.