Biskup popadł w konflikt z królem Bolesławem Śmiałym i został przez niego skazany na śmierć przez obcięcie członków. Według legend egzekucję wykonano podczas mszy prowadzonej przez św. Stanisława, a części jego ciała porozrzucano przed świątynią.

Kościół jaki dziś możemy zobaczyć to prawdopodobnie trzecia budowla, która stanęła w tym miejscu. Pierwsza – pierwotna rotunda romańska św. Michała Anioła przebudowana została na styl gotycki w XIV wieku. Ta wersja przetrwała jedynie do XVII wieku, kiedy to została zniszczona podczas najazdu Szwedów. Dzisiejszy wygląd świątyni nadał architekt Antoni Solari.

Zwiedzając wnętrza kościoła zobaczyć możemy pień, na który w momencie śmierci padły krople krwi biskupa oraz zachowane resztki kamiennych stopni ołtarza na których dokonano morderstwa. W pobliżu znajduje się także sadzawka, która według wierzeń posiada właściwości lecznicze.