Najstarsza część kościoła stanowi obecnie prezbiterium. Kościół został rozbudowany w czasach króla Kazimierza Wielkiego. Wtedy powstały trzy, równej wysokości nawy wsparte na potężnych ośmiobocznych filarach i zwieńczone krzyżowo – żebrowym sklepieniem. Jeszcze w XV wieku do południowej ściany kościoła dobudowano kaplicę św. Anny. W 1620 roku powstała renesansowa kaplica Loretańska zwana też Amendzińską, od nazwiska fundatora, czyli Stanisława Amendy, bogatego olkuskiego gwarka.

Jest ona wzorowana na słynnej kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu. Wtedy też dobudowano dużą i małą kruchtę, czyli przedsionki kościoła. Pod koniec XVIII wieku obok kościoła wybudowano kaplicę św. Jana Kantego, a w 1913 roku wzniesiono wysoką, neogotycką dzwonnicę. Najcenniejszym zabytkiem olkuskiej świątyni jest gotycki poliptyk z końca XV wieku, jeden z czterech takich ołtarzy w Polsce. W skrzydłach ołtarza znajduje się 16 obrazów przedstawiających sceny z życia Matki Boskiej, św. Anny i Zbawiciela. Autorem obrazów byli Jan Wielki, znany malarz krakowski, współpracownik Wita Stwosza oraz Stanisław Stary, który dokończył dzieło poprzednika. Jak przekazują źródła, na początku XVII wieku w olkuskim kościele znajdowało się 15 ołtarzy. Większość przetrwała do naszych czasów.

Niezwykłym zabytkiem są późnorenesansowe organy, których budowę rozpoczął w 1611 roku wybitny niemiecki organomistrz Hans Hummel. Olkuskie organy, jako jedne z nielicznych w Europie zachowały oryginalny mechanizm i większość piszczałek. Od 2016 roku organy znajdują się w konserwacji. W prezbiterium znajdują się XVI wieczne drewniane stalle, czyli ozdobne, drewniane ławy, w których zasiadali duchowni. Na ścianie ponad stallami, można podziwiać XIV wieczny fresk przedstawiający alegorię uczynków miłosierdzia i grzechów głównych.

Pamiątkami górniczej przeszłości miasta jest chrzcielnica wykonana pod koniec XVI wieku z olkuskiego ołowiu i okazały i półtorametrowej wysokości srebrny Krzyż Gwarków, podarowany w XVII wieku przez olkuskich górników. Nad ołtarzem, na ścianie prezbiterium widnieją freski z herbami Polski i Olkusza trzymanymi przez gwarków, czyli olkuskich górników w charakterystycznych strojach. Wnętrze kościoła zdobią nagrobki mieszczan z charakterystycznymi gmerkami, czyli mieszczańskimi herbami.

Źródło: Miasto i Gmina Olkusz http://www.umig.olkusz.pl/ .