Po rozbudowie i dodaniu drugiej nawy (południowej) powtórnie został poświęcony. W czasie wielkiego pożaru Brzegu w 1494 roku został poważnie zniszczony. Jego odnowa zbiegła się z powstaniem przepięknego sieciowego sklepienia nawy.W 1527 roku Franciszkanie opuszczają klasztor, który zostaje przejęty przez miasto na plac budowy (1557 r.). Nastęnie w zamian za opiekę nad kościołem św. Mikołaja, klasztor zostaje przekazany przez miasto księciu Jerzemu II (1582r.), który przebudowuje go na arsenał. W ciągu następnych lat kościół franciszkanów ulegał znacznym przebudowom m.in. wprowadzono podział na kondygnacje, w XVII i XVIII w. obniżono dachy, w 1722 r. kościół ten otynkowano, a w 1844 roku została przebudowana wieża. W XX wieku kościół pofranciszkański pełnił funkcje magazynu sprzętu przeciwpożarowego (od 1930 r.) i od 1946 roku magazynu towarowego. Obowiązek dbania o zabytek spoczywał na jego właścicielach, niestety nie zrobiono w tym zakresie praktycznie nic. Doprowadziło to do znacznego osłabienia dachu i powstania w nim nieszczelności, a w efekcie do zrujnowania konstrukcji. Bezcenna świątynia obecnie jest  w ruinie.

Źródło: Opolskie Centrum Informacji Turystycznej http://www.visitopolskie.pl/ .