Pierwotnie służył on za kaplicę cmentarną, którą w połowie XVI w. książę Albrecht zaadaptował na Szkołę Wielką. Przygotowywano tam kandydatów na Uniwersytet w Królewcu, którego również był założycielem. W tym samym czasie odbywały się tam nabożeństwa w języku polskim. Dopiero w 1817r. szkoła otrzymała nowy obiekt, a w kościele przeprowadzono remont mający na celu dostosowanie budynku do potrzeb świątyni. Ówczesny wygląd kościół zachował do dnia dzisiejszego.

We wnętrzu świątyni uwagę przykuwa ołtarz główny pochodzący z 1717 roku, który przedstawia malowane na drewnie obrazy „Ostatniej wieczerzy”, “Ukrzyżowania” i „Zmartwychwstania” oraz rzeźby m.in. św. Piotra i Jana. Kolejną atrakcją jest barokowa ambona z 1730 roku, którą ozdabiają sceny biblijne, a także barokowe drewniane sklepienie z 1817 roku.

W kościele znajdują się XVIII-wieczne organy wykonane przez królewieckiego organmistrza Johanna Scherweita. Początkowo znajdowały się w ewangelickim kościele w Bezławkach, a przeniesione zostały w 1979r do kościoła św. Jana. Przed kościołem zobaczyć można pochodzący z 1843 roku dzwon oraz chrzcielnicę.

Źródło: Punkt Informacji Turystycznej w Kętrzynie http://www.it.ketrzyn.pl/ .