Historia kościoła rozpoczęła się w drugiej połowie XII w., kiedy na skrzyżowaniu dwóch ważnych szlaków handlowych wybudowano niewielki kościół (jego pozostałości oglądać można na najniższej kondygnacji Hali Targowej). Patronem świątyni uczyniono św. Mikołaja, opiekuna żeglarzy, których – podobnie jak kupców – zawsze było w Gdańsku wielu. Kościół ten przekazano zakonowi dominikanów, a ci rozbudowali go i dodali pomieszczenia klasztorne. Co ciekawe, zbierając fundusze na prace budowlane w 1260 r. gdańscy Dominikanie zaczęli organizować odpusty, podczas których sprzedawali swoje wyroby – odpusty dały początek znanemu do dziś Jarmarkowi św. Dominika.

Świątynia uległa zniszczeniu podczas rzezi Gdańska w 1308 r. i nową – znaną nam dziś – gotycką świątynię zbudowano w pobliżu dawnego założenia. Powstał kościół o układzie halowym, posiadający trzy sześcioprzęsłowe nawy oraz gwiaździste sklepienie o wysokości 16 m, które wsparte zostało na 10 filarach. W kościele własną kaplicę ufundowali rycerze zakonu krzyżackiego: płyta grobowa jednego z nich, Kaspra Wulfsteina, zachowała się w świątyni do dziś, stanowiąc jeden z jej najcenniejszych zabytków.

Co ciekawe, kościół św. Mikołaja był jedynym, który nie został zniszczony w pożodze 1945 r. Różne są teorie tłumaczące ten fakt: niektórzy twierdzą, że sowieccy żołnierze z szacunku dla postaci św. Mikołaja oszczędzili kościół, inni zaś, że księża nakłonili Rosjan do opuszczenia świątyni za pomocą trzymanego w kościelnych piwnicach alkoholu.
W 1945 r. obiekt przejęli przybyli ze Lwowa dominikanie, którzy przywieźli ze sobą średniowieczną ikonę Matki Boskiej Zwycięskiej zdobiącą kościół do dziś.

Źródło: Gdańska Organizacja Turystyczna http://visitgdansk.com/ .