Pierwotnie służył żołnierzom wyznania protestanckiego stacjonującym w twierdzy Toruń. Nazwą i położeniem nawiązuje do średniowiecznego kościoła położonego poza murami Nowego Miasta. W roku 1920 kościół przejęło Wojsko Polskie. 

Źrodło: Ośrodek Informacji Turystycznej w Toruniu http://www.visittorun.com/ .