Świątynia w Stoczku Klasztornym została zbudowana w XVII wieku w trudnym dla Polski okresie wojen ze Szwedami.  Klęska wojny dotknęła cały kraj, jednak regionem, który szczególnie ucierpiał z rąk wroga była Warmia.

Nie dziwi zatem, że na apel króla Władysława IV o przebłaganie Opatrzności Bożej odpowiedział biskup warmiński Mikołaj Szyszkowski. Zobowiązał się on, że ufunduje świątynię na cześć Matki Bożej Królowej Pokoju. Kiedy doszło do zawieszenia broni biskup Szyszkowski w podzięce za boską pomoc wybudował piękny barokowy kościół w kształcie rotundy.

Sprowadzono tu kopię obrazu Matki Boskiej Salus Populi Romani (Zbawienie Ludu Rzymskiego), pochodzącego z Rzymu z Bazyliki Matki Bożej Większej. Obraz umieszczono w ołtarzu głównym, którego autorem jest Krzysztof Peucker – ten sam artysta, który wykonał ołtarz w Świętej Lipce.

Sanktuarium pod wezwaniem NMP opiekowali się bernardyni. Na początku XVIII wieku do kościoła dobudowano prezbiterium oraz otoczono go krużgankami. Sklepienia krużganków zdobią sceny ze Starego Testamentu autorstwa słynnego Macieja Meyera. Uwagę zwracają także stacje Drogi Krzyżowej w formie płaskorzeźb wykonane przez Krzysztofa Perwangera.

Szczególną ozdobą świątyni jest natomiast ambona z żelaza, dzieło Hermana Ketenbringka z Dobrego Miasta oraz kuta w żelazie balustrada z 1756 r. W latach 50-tych XX wieku w Stoczku Klasztornym więziony był Prymas Tysiąclecia, Stefan Wyszyński. Celę, w której przetrzymywano Wyszyńskiego można zwiedzać.

Na terenie klasztoru znajduje się także wyjątkowy barokowy ogród – jedno z najpiękniejszych tego typu założeń w Polsce. Księża Marianie, którzy dziś opiekują się sanktuarium, otrzymali w 2001 roku od Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego srebrny medal „za najlepsze urządzenie zieleni towarzyszącej obiektom zabytkowym”.