To jedna z najstarszych placówek muzealnych w zachodniej Polsce. Zaczątkiem zbiorów były resztki kolekcji powstałego w okresie międzywojennym Heimatmuseum. Była to pierwsza instytucja muzealna w mieście.

Obecnie teren kompleksu muzealnego zajmuje ok. 7 ha i obejmuje pierwotny przedlokacyjny obszar Międzyrzecza.

Muzeum posiada następujące działy: archeologiczny, historyczny, sztuki i etnograficzny. Poszczególne zbiory ukazują historię miasta i regionu akcentując przede wszystkim jego wielokulturowość. Wynika to z faktu, że przez kilkaset lat zamieszkiwali tu obok siebie Polacy, Niemcy, Żydzi, a nawet Holendrzy i Szkoci. Wyznawano również różne religie, co wyraźnie jest zauważalne do dzisiaj w krajobrazie kulturowym ziemi międzyrzeckiej.

Najbardziej znaną kolekcją muzealną jest największy w Polsce zbiór portretów trumiennych, blach herbowych i epitafijnych. Odgrywały one bardzo ważną rolę w staropolskim obrządku pogrzebowym. Wyjątkową cechą tej kolekcji są portrety trumienne szlachty niemieckiej, która osiedliwszy się na tym terenie, przyjmowała polskie obyczaje. Można to prześledzić na zachowanych wizerunkach i eksponatach, które potwierdzają silne, wzajemne przenikanie kulturowe mieszkańców.