Samodzielnie Muzeum działa od 22 marca 1971 r. Do 2000 r. nosiło nazwę Muzeum Historii Miasta Gdańska. Na swoją siedzibę otrzymało nowo odbudowany Ratusz Głównego Miasta. W dawnej siedzibie władz miejskich, wznoszonej od XIV w., zaczęto gromadzić zbiory dokumentujące dzieje miasta od średniowiecza do współczesności.

Tworzona od podstaw instytucja nie posiadała zaplecza muzealnego, tj. pracowni merytorycznych i magazynów zbiorów. Brakowało sali oświatowo – audiowizualnej, pomieszczeń do przygotowywania wystaw oraz pracowni technicznej. Pomimo tych trudności Muzeum rozwijało się: przybywały nowe eksponaty, prowadzono działalność wystawienniczą i wydawniczą, rozwijano edukację muzealną. Dziś zbiory Muzeum liczą 20 695 obiektów (stan na 31 grudnia 2012). 

Od samego początku dążono do powiększenia instytucji o kolejne historyczne budowle. W efekcie tych starań włączono do muzealnego stanu posiadania najcenniejsze zabytki gdańskiej architektury świeckiej, ale o różnym stanie zachowania. Na Muzeum spoczął obowiązek dokończenia ich odbudowy, rewaloryzacji oraz dostosowania do funkcji  muzealnych. Intensywne remonty i prace budowlano – konserwatorskie stały się nieodzownym elementem muzealnej rzeczywistości.

Oddziały:

Ratusz Głównego Miasta

Ratusz Głównego Miasta to gotycko-renesansowa budowla, usytuowana na styku ulicy Długiej i Długiego Targu. Jej sylwetka dominuje nad panoramą Drogi Królewskiej, najbardziej reprezentacyjnego traktu zabytkowej części miasta.

Dwór Artusa

Dwór Artusa to jeden z najbardziej reprezentacyjnych zabytków położonych przy tzw. Trakcie Królewskim w Gdańsku. Połączenie oryginału z rekonstrukcją, dążenie do zachowania klimatu wnętrza sprawia, że jest wyjątkową kreacją muzealną.

Muzeum Nauki Gdańskiej

Muzeum Nauki Gdańskiej (dawniej Muzeum Zegarów Wieżowych) mieści się w wieży kościoła pod wezwaniem św. Katarzyny (Aleksandryjskiej) w Gdańsku. W wyniku zawartego przez Muzeum Historyczne Miasta Gdańska z Zakonem OO. Karmelitów w 1996 roku porozumienia w wieży tego kościoła inaugurowano muzeum.

Dom Uphagena - Muzeum Wnętrz Mieszczańskich

Dom Uphagena położony przy ulicy Długiej 12 w Gdańsku jest jedyną w Polsce i jedną z niewielu w Europie kamienic mieszczańskich z XVIII wieku dostępnych do zwiedzania.

Wartownia Nr 1 Westerplatte

Wartownia Nr 1 na Westerplatte to jedna z sześciu wartowni zbudowanych w latach 30. XX wieku. W czasie całego okresu walk o Westerplatte była kluczowym punktem polskiej obrony. We wnętrzu Wartowni prezentowane są pamiątki po Wojskowej Składnicy Tranzytowej i jej obrońcach.

Muzeum Poczty Polskiej w Gdańsku

Muzeum Poczty Polskiej w Gdańsku gromadzi dokumenty drukowane, rękopiśmienne, ikonograficzne oraz eksponaty związane z obroną i uczestnikami obrony Poczty Polskiej 1 września 1939 roku oraz losami rodzin obrońców.

Twierdza Wisłoujście

Twierdza Wisłoujście to niezwykły zabytek sztuki fortyfikacyjnej. Miejsce to stanowiło ważny z punktu widzenia strategicznego teren, skąd można było kontrolować ruch statków wychodzących i wchodzących do portu w Gdańsku.

Muzeum Bursztynu

Jedno z najmłodszych gdańskich muzeów, swoje podwoje otworzyło w czerwcu 2006 roku. Jego siedzibą jest zabytkowy, unikatowy w skali Europy, gotycko-renesansowy Zespół Przedbramia ulicy Długiej.