W krypcie, częściowo wykutej w skale, obok szczątków kronikarza polskich dziejów Jana Długosza, spoczywają także między innymi poeci i pisarze: Wincenty Pol, Józef Ignacy Kraszewski, Teofil Lenartowicz, Adam Asnyk czy Czesław Miłosz; dramaturg i malarz Stanisław Wyspiański; malarz Jacek Malczewski czy też aktor Ludwik Solski. To tylko niektóre nazwiska wybitnych Polaków, którzy pochowani zostali w tym miejscu.

Krypta otwarta jest od kwietnia do października codziennie w godzinach 9:00-17:00. Od listopada do marca dostępna po zgłoszeniu na furcie klasztornej. Bilety: normalny 2,50 zł, ulgowy 2 zł.