Razem z budynkiem dawnego klasztoru oraz kaplicą św. Anny tworzy późnogotycki zespół klasztorny ojców franciszkanów. Główne wejście do kościoła znajduje się od ulicy Św. Trójcy i prowadzi do niego niewielki dziedziniec, z którego wejść można również do kaplicy. Wejście do Muzeum Narodowego, które obecnie zajmuje zabudowania dawnego klasztoru znajduje się od strony ulicy Toruńskiej.
Budowę kościoła Św. Trójcy ukończono w 1514 r. Został on wzniesiony jako kościół halowy o trójnawowym, sześcioprzęsłowym wnętrzu. Sieciowe sklepienie kościoła podtrzymuje 10 filarów, jego hala ma 51 m długości, 29 m szerokości i 23 m wysokości. Co ciekawe, patrząc na prezbiterium kościoła (część wydzieloną dla duchowieństwa) widzimy w istocie wnętrze pierwszej gdańskiej świątyni franciszkanów, czyli kościoła Wieczerzy Pańskiej. Jak to możliwe? Początkowo franciszkanie wybudowali w tym miejscu mniejszy kościół, który następnie został „wchłonięty” przez potężną bryłę kościoła św. Trójcy.

Do najcenniejszych zabytków świątyni należy najstarsza zachowana na Pomorzu ambona, którą w 1541 r. wykonali sami franciszkanie. Warto również zwrócić uwagę na liczne XVI- i XVII-wieczne epitafia, barokową chrzcielnicę oraz cenne obrazy.

Z inicjatywy króla Kazimierza Jagiellończyka na przełomie XV i XVI w. wybudowano kaplicę św. Anny, która do 1876 r. służyła gminie polskiej. Późnogotycka budowla jest jednym z najpiękniejszych polskich zabytków tego okresu. Kaplica ma układ salowy (czyli pozbawiona jest wewnętrznych podziałów) i posiada wyjątkowe sklepienia gwiaździsto-sieciowe.

Budowę klasztoru franciszkańskiego rozpoczęto równolegle z pracami nad kościołem Wieczerzy Pańskiej. Dziś jest on uważany za jeden z najznamienitszych klasztorów tego zakonu w Polsce: do szczególnie pięknych należą tu sklepienia, które wykonano w układzie gwiaździstym, siatkowym i kryształowym. Klasztor służył franciszkanom do czasu reformacji – w 1525 r. został splądrowany, a w 1555 r przekazany miastu, które urządziło tu Bibliotekę Rady Miejskiej Gdańska oraz Gimnazjum Akademickie, a w późniejszym okresie również Muzeum Miejskie.

W 1945 r. zespół franciszkański zniszczony został w stosunkowo niewielkim stopniu. Tego samego roku do „Świętej Trójcy” wrócili franciszkanie, którzy opiekują się kościołem do dziś.

Źródło: Gdańska Organizacja Turystyczna http://visitgdansk.com/ .