Budowę murowanego kościoła rozpoczęli  w 1343 roku. Była ona prowadzona etapami zakończona została w końcu XIV wieku. Wzniesiony kościół to jedna z najwspanialszych gotyckich budowli halowych  Polski północnej. Nie posiadał wieży, lecz jedynie sygnaturki,  co było zgodne  z regułą zakonu. Pierwotnie  każdą z trzech naw nakrywał osobny dach, który w 1798 roku zastąpiono  jednym ogromnym wspólnym dachem. Od  północy do kościoła przylegały zabudowania klasztorne, zbudowane w planie zbliżonym do litery H. Dawny południowy krużganek przekształcony został w dwukondygnacyjną nawę północną świątyni. W 1557 roku  zakonnicy oddali miastu kościół i zabudowania klasztorne. Świątynia służyła  luteranom ze Starego Miasta a w zabudowaniach klasztornych  ulokowano założone w 1568 r. protestanckie gimnazjum. W 1724 roku następstwie  "tumultu toruńskiego",  klasztor z kościołem powrócił do katolików i przekazany został bernardynom.. Kościół doznał poważnych uszkodzeń podczas oblężeń miasta w roku 1809 i 1813. Wyremontowano go  w latach 1825 -1830. Po  kasacie zakonu bernardynów w 1821 roku budynki klasztorne przejęło miasto  i dokonało ich rozbiórki. Panna Maria posiada  niepowtarzalną średniowieczną atmosferę tworzoną przez wydłużone okna, masywne filary  międzynawowe i skarpy wewnętrzne, ale przede wszystkim równą wysokość naw i prezbiterium, zamkniętych sklepieniem gwiaździstym. W wyposażeniu  Kościoła dominują monumentalne gotyckie freski  z XIV wieku, barokowe i rokokowe ołtarze,  renesansowe organy, ambona i epitafia toruńskich rodzin patrycjuszowskich. W prezbiterium obok rokokowego ołtarza głównego znajdują się  pięknie rzeźbione gotyckie stalle z pierwszej połowy XV wieku i barokowe mauzoleum Anny Wazówny siostry króla Zygmunta III Wazy.

Anna Wazówna - więcej o tej niezwykłej postaci dowiadujemy się z artykułu pana Michała Targowskiego - Anna Wazówna urodziła się w 1568 r. w Szwecji – jej ojcem był król szwedzki Jan Waza, a matką Katarzyna Jagiellonka, córka Zygmunta Starego. Gdy w 1587 r. jej brat, Zygmunt, został wybrany na królem Rzeczpospolitej Obojga Narodów, Anna udała się wraz z nim do ojczyzny swej matki, gdzie dała się poznać jako osoba wykształcona, stanowcza i mająca duży wpływ na króla. Jeszcze w czasie pobytu w Szwecji, ok. 1580 r., Anna przeszła na luteranizm stając się gorliwą orędowniczką tego wyznania. Stało się ono przyczyną jej kłopotów po przybyciu do Polski – królewnę nazywano heretyczką i dążono do ograniczenia jej wpływu na Zygmunta III Wazę, który sprzyjał katolicyzmowi i zwalczał reformację. Naciski duchownych i katolickiej szlachty sprawiły, że Anna przebywała zwykle daleko od królewskiego dworu. W 1604 r. otrzymała od króla starostwo brodnickie, a w 1611 r. golubskie.

Odtąd zamki w Brodnicy i Golubiu stały się jej ulubionymi rezydencjami. Anna zakładała przy nich ogrody, w których hodowała kwiaty i zioła – z tych ostatnich sporządzała wyciągi i lekarstwa rozprowadzane wśród ubogich mieszkańców okolicy, którym często pomagała również zapewniając środki do życia. Królewna dobrze znała problemy ludzi chorych – cierpiała na nietypową chorobę kośćca (wgniecenie podstawy czaszki), powodującą dotkliwe dolegliwości, na które nie pomagały ówcześnie znane leki. Dowodem jej autentycznych zainteresowań botanicznych i medycznych było sfinansowanie przez królewnę wydania polskiego zielnika napisanego przez Szymona Syreńskiego (Syreniusza), który miał służyć pomocą lekarzom. Anna Wazówna miała jednak jeszcze szersze horyzonty – znała sześć języków, interesowała się muzyką (grała m.in. na organach) i teologią. Podległe jej starostwa stały się za jej życia azylem dla protestantów i migrantów ze Szwecji.

Anna do końca życia (1625) nie wyrzekła się protestanckiego wyznania. Skutkiem tego niemożliwy był jej pochówek w nekropolii polskich królów na krakowskim Wawelu. Ciało królewny spoczęło w sarkofagu, który tymczasowo ustawiono w piwnicach zamku w Brodnicy. Dopiero po jedenastu latach, w 1636 r., bratanek królewny, król Władysław IV Waza, zorganizował uroczysty pogrzeb Anny Wazówny w kościele NMP w Toruniu. Pochowano ją w specjalnie wzniesionym na ten cel mauzoleum z barokowym pomnikiem grobowym przedstawiającym leżącą królewnę.

Źrodło: Ośrodek Informacji Turystycznej w Toruniu http://www.visittorun.com/ .